《黑客帝国》三大结局解析是什么？
《黑客帝国》三大结局解析是；
揭示了机器人已经不仅仅再是没有情感的程序，这一家人和先知一样已经理解了什么是爱，就是愿意为对方付出一切。
所以即便这位父亲知道当矩阵完成升级后自己也将会成为非法程序被删除，他却没有和其他非法程序一样选择逃避，而是和妻子尽可能地保住自己的女儿。
所以被注入了爱的尼奥在最终的代码之源做出了和其他救世主不同的选择，就是因为给尼奥注入的程序里有“爱”。
黑客帝国到底讲了什么
关键是背景
了解了背景就了解了黑客帝国
故事发生在22世纪末，人类也不知道具体的年代。人类已经成为历史，地球由机器统治。
21世纪中叶人类发明人工智慧，可以思考的程序，在随后的几十年迅速发展。也不知道是人类还是机器挑起了战争，不过可以确定的是人类为了消灭机器烧焦了天空，从此地整个球被一层黑云笼罩着。地球不再有阳光，人类自认为机器没有了阳光很快就完蛋了（当时地球的主要能源是太阳能，其他的资源都消耗完了），而人类依靠有机物可以度过这几百年，使人类不会被机器杀死导致真个人类灭绝。但是结果人类想错了，没有了阳光地球唯一的能源就是有机物。在人类和机器战争的开始，机器就在秘密研究和解剖人体，最终机器发现人类的生命活动可以释放大量的电能，于是机器利用人类发明了有机电厂，利用活体人类发电
整个地球所有的人类都被放到一个电厂里，全身上下 *** 上无数个管子，插管主要分3部分，1：连接大脑。2：胃管 3：发电管
之一部分是截取大脑和身体的中枢神经，使人脑连接到一个 *** 里，这个 *** 是虚拟的 *** ，叫做 The Matrix ，翻译成中文就是 黑客帝国。其实Matrix意思是母体，子宫的意思，可能翻译成黑客帝国更和电影的意思，或者The Matrix 这里就有黑客帝国的意思
电厂中所有的人类大脑后面都 *** 入了一个插槽， 接入这个 *** ，由于人类是智能动物，这个 *** 里的一切都是程序。当人类发展到某个阶段，必定发现这个世界不对劲，开始怀疑，由于机器程序无法彻底模拟显示世界，人类慢慢的和机器不兼容，最后导致整个黑客帝国崩溃。人类全体死亡。电厂被迫关闭。
后来机器开发了一个新程序，叫做先知，这个程序用来研究人类的心理。找到了一个电厂不崩溃的 *** ，就是救世主升级。机器先找一个和人类感情好，又非常聪明的人做救世主，然后让他携带几十个男人和几十个女人离开电厂，建立一个国家。由于地球被黑云笼罩，除了电厂里有生命，其他地方没有有机生命了，地面也被机器统治，人类被迫躲进距离地心很近的地方，建立一个国家叫做 锡安。救世主带领这些被解救的人，通过黑客技术，进入到电厂的虚拟 *** 里，在解救其他人，这样壮大人类世界，老的救世主死了，新的救世主就快诞生了，当新的救世主达到一定程度的时候，就来到系统的源头，也就是黑客帝国的设计师那里，最后救世主和他对话，设计师告诉了救世主真相，人类被解放只是为了维持系统的稳定， *** 是这样
之一步，人类在黑客帝国系统找到适合的人选做救世主，救世主通过不断解救人类以及与特工战斗学习很多知识提升自身的能力。
第二部，在先知的指导下和设计师见面。
第三步，设计师告诉救世主实情，并把电厂以外的全部人类杀死，然后让救世主重新插回电厂，利用他所携带的代码（也就是他自己学到的知识）给整个黑客帝国升级，
第四步，救世主在电厂中选几十个男童和女童回到现实世界，从新建立锡安。
如此循环，第三步中，如果救世主不愿意把自己给系统升级，最后的结果是，电厂瘫痪，电厂里的人全死了，电厂外的人全被机器杀了，最后人类在地球上就消亡了，救世主没有选择，只能听机器的安排，这样循环下去
我们看到的这个影片中的救世主是第六代救世主，也是最后一代，具体是如何终止循环的，并且人类也没有灭绝，多看几遍就明白的了
《黑客帝国》讲述了怎么样的故事？
《黑客帝国》是由华纳兄弟公司发行的系列动作片，该片由沃卓斯基兄弟执导，基努·里维斯、凯莉·安妮·莫斯、劳伦斯·菲什伯恩等主演。
黑客帝国4讲的是什么故事
看完黑客帝国4，之一感受的确不是很好，但还是会有一种意犹未尽的感觉。
毕竟和前3部的上映已经间隔了太长时间，剧情的衔接难免会有一些断层。这篇文章的回答主要分为2个部分：
1、黑客帝国4剧情主线解析梳理；
2、黑4中部分剧情问题解析；
（1）矩阵还存在吗？为什么矩阵还会继续存在？机器反悔了？
（2）年轻版的墨菲斯从哪来的？
（3）为什么矩阵中的场景会实时反映在尼奥 *** 的游戏中？
（4）为什么一直找不到尼奥，花了60年？
（5）为什么史密斯可以无视分析师的时间静止能力？
（6）为什么许多程序没在版本迭代中被清理掉？
（7）为什么尼奥很年轻？
引言：黑客帝国的本质就不是商业片，而是包裹了一层商业皮的文艺电影。它的科幻感更多是一种包装，来为沃卓斯基姐妹的世界观保驾护航。
时隔20年的重启，这20年间信息技术发生了革命性的变化，而人类社会因此而生出更多的选择和想法，也与1999年完全不同。这种变化改变了导演，而她真实的想法在这一部中自由地体现了出来。人类靠爱来维系，靠理解来发展进步。一成不变，守旧封建的思想禁锢向前的脚步，所以过去的Zion只能成为历史，执着于曾经传说的墨菲斯也终究成为了过去。
黑客帝国的核心元素从来就不应该是墨镜和黑风衣，还有炫酷的动作设计，这些是附加的漂亮外衣，它内体，如同被粘稠的培养液浸泡着的漂亮躯体，以及所有awake people，他们的选择。从来没有选择，所有的选择都是你以为你有选择，而你早就已经做出了选择，而你需要做的是理解你的选择。这种使命感和归宿感在这一部更为明显得表现出来。崔妮蒂一定会选择相信尼奥，尼奥一定会选择拯救唤醒崔妮蒂。
在影片的中后段，大反派“分析师”（the *** yst）终于说出系统复活尼奥与崔妮蒂的目的——用爱发电。两人当年的行动多么轰轰烈烈，对系统造成了不小的伤害，但系统可以反过来利用这种能量。他们把尼奥和崔妮蒂（蒂芙尼）设计成互相倾慕而不可得的关系，让两人之间“爱”的能量永远处于满值却又不溢出（对系统造成危险）的状态、做矩阵的情感劳工——两人如同视频网站上做夸张反应的up主或为女主播刷火箭的观众，连结似有若无，不断生产并维持着能量供系统去驱使利用。
人类和机械，究竟差距在哪呢？人类的智慧创造出了机械，催生出来了人工智能，甚至能够让机器学会思考。机械能够在物理意义上远超过人类，一旦其不再为人类而服务，人类将陷于低生活被反过来奴役的境地，能够拿出来与之决斗的砝码，便只有情感、信仰、希望。这是人类区别于机械的更高级的存在。机械不会有感情，不会相信奇迹，不会有希望，不会有强大的意志力，100%的理性，而进步的变革需要不理智的火花去点燃进程。
1、黑客帝国4剧情主线解析梳理：
首先我们回顾一下黑3的剧情，在黑3中，机器大军最终定位了人类最后的城市“Zion”，并派遣机器大军攻城，具备“自由意志”的人类(Human)与机械大军（the Machine）在锡安（Zion）发生激烈战争。
由于战力相差悬殊，眼看人类就要灭族，救世主尼奥（the One）以彻底清除史密斯变异病毒为条件，要求机器大军撤军，与人类维持和平。尼奥自认为最终与机械达成共识，在母体内部与史密斯发生激烈战斗。
最终尼奥选择了自我牺牲，清除了病毒史密斯，同时，机器大军撤军，锡安得以保留，矩阵承诺带给所有人真相（主要指仍然在矩阵中的未觉醒的人类），母体迎来了耀眼的日出。（注意，在这个过程中，尼奥的爱人崔妮蒂也阵亡了。）
黑4的剧情发生在黑3事件60年之后，时间来到23世纪下半。
黑4开头，还是熟悉的音乐，熟悉的配方
这里很明显是在致敬黑1，崔妮蒂和墨菲斯说过同样的话“You were right”,画面也似曾相识
影片开始，一个黑夜，一名黑衣人像崔妮蒂一样被追杀。
不同的是，更多的黑衣人出现，最终抓住了假崔妮蒂，引来了巴戈斯（Bugs）。（没错，他的名字就叫BUGS，不言而喻。）
一群黑衣特工对巴格斯紧追不舍，
巴格斯逃到一个布满钥匙的房间，这里也是暗示这个房间会有些奇怪的后门。
果然，关键时刻，神秘黑衣特工开后门解救了巴格斯。
这里又是一大段对白以及截图，从这里我们能了解到非常多事。
墨菲斯没死，变成了程序得以保存，而且还通过某种方式覆盖到一个特工程序身上，导致一个特工叛变，这个叛变特工名字叫史密斯。
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（这个黑人小哥亲口承认自己是墨菲斯，再次开始寻找尼奥，外形更加年轻强壮，但是和墨菲斯有几分相似，可以猜测就是年轻状态的墨菲斯，请忽略战五渣翻译）
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可以对比下，外形确实很相似。
（2）尼奥没死
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巴格斯之一眼看到的外形其实并不是尼奥，而是另一个人，暗示尼奥的外形发生了变化，应该是被重新编程了，但是巴格斯说他擅长监听，虽然尼奥此时没有觉醒，仍然受到了救世主的影响发生觉醒。
黑衣特工在巴格斯的劝说下，吃下红色药丸，成为墨菲斯，肉体以拟态的方式存在于现实中。
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最后两人开启水面通道，成功摆脱特工追杀。
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镜头切换，一个长相酷似尼奥的人（姑且继续称他是安德森）在做游戏开发，（似乎还是个VR游戏。）
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可以看到他开发的游戏就是黑客帝国，而且还得了很多奖，游戏最早发布时间就是1999年。
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这时游戏系统忽然出现了BUG,出现BUG的地点刚好就是刚才巴格斯救墨菲斯的地方。这里我们很容易联想到刚才发生的一切是不是只是游戏场景。
之后安德森和同事裘德一起喝咖啡闲聊（这人叫JUDE,和犹大同名，暗示不是啥好货），碰到一个酷似崔妮蒂的人上前搭讪，得知对方叫蒂芙尼，已婚带俩娃，老公叫查得。
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聊完回办公室发现，刚才出BUG的模块消失且被清理。
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之后安德森被老板叫去办公室，聊到之一次见面有种被FBI审讯的感觉，加上闪回，可以推断这个老板就是史密斯。
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这里还同时调侃拍黑4就是因为市场难做，为了骗钱，不管有没有之前的演员都非拍不可- -
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聊完安德森觉得又分不清现实和虚拟世界的边界了，于是去找心理咨询。（这心理咨询师的眼镜都是蓝色的，和蓝色药丸颜色一致，暗示心理咨询师是矩阵系统的组成部分）
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心理咨询师给安德森开了一大瓶蓝色小药丸，嘱咐药不能停。安德森吃了药之后就开始继续无聊的游戏开发生活。
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这句话的大概意思是“埋葬现实比处置梦想要简单的多”
随着游戏开发的深入，安德森对世界越发感到怀疑，开始停药，同时在咖啡馆多次偶遇蒂芙尼。
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大楼偶发事故，让安德森碰到了墨菲斯，安德森对墨菲斯的长相大为震惊，因为和他游戏里编辑的人物长相完全一致。
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大量警察到来，打断了他们的谈话，火拼在所难免。
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换皮史密斯出现，带着标志性动作成功追杀安德森，安德森被系统重置，安插了一段其他的记忆。
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安德森大脑彻底被搞残，在准备尝试飞行（跳楼）之前被赶来的巴格斯救下。
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终于成功救出安德森，安德森再次成为尼奥。
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苏醒后的尼奥发现崔妮蒂没死，而且就在他的培养皿旁边。
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巴格斯带着尼奥回到人类城市IO，见到了老朋友奈奥比
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奈奥比告诉尼奥，黑3之后，大量人类觉醒，机器能源不足，部分机器人觉醒自由意识，内部发生战争。
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同时，墨菲斯高票当选理事会主席，拒绝和机器人建立任何合作，一部分人类认识到仅仅依靠现存力量永远无法打败机器，所以离开了ZION，重新建立了新的城市IO。
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尼奥恳求奈奥比帮助营救崔妮蒂遭到拒绝，于是偷偷和巴格斯联系准备自己去救。
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再次进入矩阵的尼奥刚走两步就遇到了换皮史密斯
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通过对话得知，尼奥的心理医生就是新任矩阵管理员，而史密斯还是想伺机报复矩阵
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史密斯找来一群老熟人，冲突在所难免。这个老熟人就是黑3中搞色情派对的古老程序法国佬
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只不过这货现在衣衫褴褛，似乎穿着他的下属火车人的衣服，或许也就是通过这种方式躲过了系统的清除？
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尼奥一个气功波让史密斯领了便当，其他喽啰应声而退。
终于，尼奥找到了崔妮蒂，但是分析师也同时赶到。
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现在的矩阵有了更可怕的控制力，可以让时间短暂倒退以及静止。
原来当年在尼奥消灭了史密斯之后，矩阵为了研究尼奥和崔妮蒂，治疗好了崔妮蒂和尼奥的伤势，并进行各种折磨。
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后来发现，只有将两个人放在一起，但是又不能相认，这样周而复始就催生欲望和恐惧，这就是人类的本性，就是现实世界最本质的特点，引入这样的机制甚至能推动矩阵完美运行。
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这里还能看到，这个分析师已经不是之前的分析师了。前任被他推翻并干掉了。
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并且这个分析师喜欢使用“集群模式”来维护矩阵稳定，集群和特工是同时存在的，可以看到，集群就是非常多的机器人角色，可以理解为矩阵中的披着人皮的AI,这种人战斗力虽然不强，但是人数众多。
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通过这样的方式促使矩阵完美的运行了很多年，发电量比之前还要高出很多，在培养皿中的人类几乎都不怎么捣乱了，用分析师的说法就是“比猪都快乐”
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简而言之，尼奥和崔妮蒂两个人在一起才能更好的发电并控制人类，如果尼奥不乖乖自己回培养皿，分析师就杀掉崔妮蒂。
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尼奥只能先乖乖的先撤回IO。这时，机器盟友找到了尼奥。
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原来，机器盟友的首领就是先知和上一任总工程师的女儿，她的父母都被现任分析师杀掉了，所以和现任分析师结下了梁子。于是她提出了营救计划，协助一起营救崔妮蒂。
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尼奥再次回到矩阵，恢复了崔妮蒂的记忆。分析师使用时间静止能力打算杀掉所有人
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关键时刻史密斯来找分析师寻仇，一顿操作猛如虎打残了分析师，崔妮蒂成功被救走。
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逃跑的路上遇到大量集群，关键时刻崔妮蒂觉醒了飞行能力救出所有人，全片结束
2、黑4中部分剧情和前作的关联，以及问题解析；
（1）矩阵还存在吗？为什么机器人反悔？
还存在，但已经不是之前的矩阵了。很明显总工程师承诺给人类自由，停止战争，导致机器世界资源紧缺，一部分人心生不满，篡位夺权引发战争，总工程师被杀，矩阵再次运行，而且发电量更大，控制了更多的人类。但是机器世界也发生了分裂，一部分机器和人类结盟。
（2）年轻版的墨菲斯从哪来的？
通过墨菲斯和巴格斯的对话可得知，矩阵应该是通过某种方式保存了老墨菲斯的部分意识，通过清洗利用改造成了特工（矩阵经常干这种事，所以这个猜测很合理），结果很墨菲斯自然觉醒，开始继续一边假扮特工一边寻找尼奥。
（3）为什么矩阵中的场景会实时反映在尼奥 *** 的游戏中？
我们可以看到，影片开头巴格斯救墨菲斯的地方，和黑客帝国游戏出BUG的地方是一致的。
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而尼奥之一次见墨菲斯的时候大为震惊，因为和他游戏中的角色形象完全一致，这就代表游戏中发生的事情很可能在现实中也发生过。
其实是巴格斯黑了安德森的系统，将这段剧情加入到了安德森的游戏里面，用来告诉安德森实际已经发生的事情。
（4）为什么一直找不到尼奥，花了60年？
因为尼奥在黑客帝国里的映射形象一直在发生变化，包括容貌声音等等，而且这种变化是彻底的，周围人自然的态度会帮助映衬这种变化，所以导致人类很难准确定位尼奥。
（5）为什么史密斯可以无视分析师的时间静止能力？
这里史密斯自己的解释是：“一但尼奥离开了矩阵，我就自由了。”我的理解是史密斯和尼奥类似于杀毒软件和病毒的关系，而且都版本更新很多代，一但尼奥不受矩阵控制，史密斯就可以绕过任何防御程序对其他程序进行感染。
（6）为什么很多程序没有在版本迭代中被清理掉？
首先不要小瞧矩阵的自我净化能力，先知和总工程师这样的人物都可以被清理。
其次，要对机器世界有深刻的理解，机器世界已经进化到每个机器也有自由的思想和意识，每个机器的想法并不都是一样的。
另外，有些程序没有被清理不是系统不想清理，而是很难清理，参考史密斯，可以随便换皮，程序太多了，系统很难定位
最后，有些程序不清理是因为核心代码有用，比如墨菲斯，可以当特工，程序重新写一下就能用。
（7）为什么尼奥很年轻？
因为时间流逝在矩阵里和现实中是不一样的，身体一直泡在那个新发明的培养仓中可以活的更长久。
黑客帝国1，2，3讲的是什么？
黑客帝国1，2，3讲的是；《黑客帝国》讲述一名年轻的 *** 黑客尼奥发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为“矩阵”的计算机人工智能系统控制的。尼奥在一名神秘女郎崔妮蒂的引导下见到了黑客组织的首领墨菲斯，三人走上了抗争矩阵的征途。
《黑客帝国》主要讲的什么故事？
影片讲述了一名年轻的 *** 黑客尼奥发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为“矩阵”的计算机人工智能系统控制的，尼奥在一名神秘女郎崔妮蒂的引导下见到了黑客组织的首领墨菲斯，三人走上了抗争矩阵征途的故事
黑客帝国1，2，3的剧情详细介绍！
黑客帝国1剧情简介
在矩阵中生活的一名年轻的 *** 黑客尼奥(基努·里维斯）发现,看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在 *** 上调查此事。而在现实中生活的人类反抗组织的船长莫菲斯(劳伦斯·菲什伯恩)，也一直在矩阵中寻找传说的救世主,就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂(凯莉·安·摩丝)的指引下,两人见面了,尼奥也在莫菲斯的指引下,回到了真正的现实中,逃离了矩阵,这才了解到,原来他一直活在虚拟世界当中,真正的历史是,在20XX年,人类发明了AI(人工智能),然后机械人叛变,与人类爆发战争,人类节节败退,迫不得已的情况下,把整个天空布满了乌云,以切断机械人的能源(太阳能),谁知机械人又开发出了新的能源---生物能源,就是利用基因工程,人工制造人类,然后把他们接上矩阵,让他们在虚拟世界中生存,以获得多余的能量,尼奥就是其中一个.尼奥知道后,也加入了人类反抗组织,在莫菲斯训练下,渐渐成为了一名厉害的"黑客",并渐渐展露出,与其他黑客的不同之处,让莫菲斯也更加肯定他就是救世主,就在这个时候,人类反抗组织出现了叛徒,让莫菲斯被捕,尼奥就出了莫菲斯,但在逃跑过程中,被矩阵的"杀毒软件"特工杀死, 结果反而让尼奥得到了新的力量,并复活了,真正的成为了救世主,并把在矩阵无所不能的特工杀死了
黑客帝国2 剧情介绍
假若明天这场战争能够结束？难道不值得为之战斗吗？难道不值得为之牺牲吗？当尼奥提出墨菲斯和崔妮蒂以前都问过的问题时，他做出了一个代价很大的决定，他要寻找并接受真相，将他的灵魂从母体中释放。一切都从“选择”开始。现在，当人类最后的城市锡安陷入机器军队的包围时，尼奥充分发挥了他的超能力。短短几个小时要把人类最后的领土从25,000个专门摧毁人类的电脑哨兵手中解救出来。不过，墨菲斯的信念鼓舞了锡安的人们，他们相信“救世主”尼奥将实现先知的预言，结束与机器们的战争。他们把所有的希望都寄托在尼奥的身上。而尼奥在寻找行动的方向时，发现自己陷入令人烦恼的幻觉之中。为爱情和信念所激励，尼奥和崔妮蒂选择了与墨菲斯一起回到母体，运用他们非凡的技巧和装备，对抗电脑系统的压制和利用。然而，母体内部存在着强大的力量反对他们的自由抉择。与此同时存在的还有被母体流放的特工史密斯，因为与尼奥解不开的联系迫使他违背系统，导致他被系统删除。一度被他轻视的“人性”驱使他向尼奥进行无穷无尽的复仇。在进一步了解母体结构的危险旅途中，作为人类命运的关键人物，尼奥将遭遇更大的对抗，面对他无论如何都想象不到的，更惊人的真相和更加困难的选择。在爱情与真相、信念与知识、目的和动机交错之中，尼奥必须顺着自己选择的方向走下去。“如果我无能为力？”他问，“如果我失败了呢？”那么，锡安就会陷落。
黑客帝国3：最后战役剧情概述
面对如潮电子乌贼人类城市危旦夕墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战此时"救世主"尼奥身体和思想却意外分离后者再度陷入到"母体"中墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥身体回到"母体"和守护天使一起寻找一场大战之后守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡而尼奥却找到先知之后一无所获……
锡安局势越来越危险议员及指挥官相继阵亡机器攻击却丝毫没有因为人类反抗而减弱此时被叛徒射瞎双眼尼奥依然想通过希望去实现预言这时特工史密斯控制了先知并变得越来越强大威胁到了整个"母体"稳定返回锡安途中飞船遭到电子乌贼突袭崔妮蒂死了重伤尼奥被带到机器城市01
和机器谈判中尼奥答应为了人类和机器共同利益去消灭史密斯于"母体"又面临着一次翻天覆地"重载"……
《黑客帝国》系列故事梗概
托马斯·安德森表面上是个朝九晚五的电脑工程师，私下却是个高超的黑客-电脑黑客尼奥（Neo），他一直过着平常的生活，直到和神秘人物莫菲斯（Morpheus）、崔妮蒂（Trinity）等联系，一切都变得不同。莫菲斯等人把他带到真实的世界，令尼奥明白到他所认识的世界是电脑程序所创造的虚拟世界。它是机械世界的矩阵（matrix）为培养人类作为能量来源所创造的，程序模拟1999年的人类世界（现实世界其实已踏入2199年），矩阵透过内建的各种程序，借由和人体大脑神经联结的连接器，使视觉、听觉、嗅觉、味觉、触觉、心理（六根）等讯号传递到人类大脑时都仿佛是真实的，甚至在“死亡”时真身也会因为逼真的感受而死。创造这个趋近真实的梦境世界，目的在欺骗被机器囚禁的人类，令他们以为自己是真正的“活着”并能繁衍下去，而死后的人体则被拿来提取能源以继续供应矩阵。莫菲斯等人是较早被解放而得以脱离矩阵的一群。他信奉在矩阵中可预知未来的先知（Oracle），先知曾指莫菲斯将在有生之年找到救世主，而前代救世主死前，她也曾经预言他会再次来到人间拯救所有被机器所囚的人类。莫菲斯于是拼命寻找救世主。当联络到尼奥后，他预感尼奥就是转世的救世主（尼奥其实是第六代救世主）。但尼奥却对此身份有所怀疑。
来到真实世界后，尼奥通过与莫菲斯的电脑程序训练，发现只要有信念，能坚定的相信在电脑程序中的一切都不是真的，进入到矩阵中即可将各种模拟真实世界的物理现象如万有引力、摩擦力等扭曲、甚至破坏。在矩阵中可做出各种违背物理定律的事，例如：一拳把人打飞至十多米远、跳跃至半空停留七、八秒才落地等。
尼奥经过一番训练后，和莫菲斯等人再次透过连接器进入矩阵拜访先知，他们返回真实世界的途中，矩阵派出多个以史密斯（Agent Smith）为首的特工程序追杀。特工程序虽有人类的外表却不是真正人类，而是极善于扭曲矩阵中的物理现象、专门用来追捕目标的程序，并非人类所能匹敌的。而矩阵虽然是虚拟世界，但除非你已能纯熟界定自己是处于虚拟之中而不被其所惑，否则在当中被杀的人类于真实世界中亦难逃一死。莫菲斯知道尼奥还不相信这一切是虚拟的，为了保护尼奥而落入了特工程序之手。
尼奥等人发现原来他们一行人中的塞弗（Cypher）出卖了他们的情报予特工程序，导致莫菲斯被捕。塞弗回到真实世界后，将仍在矩阵的队友逐一杀死，但在准备杀死尼奥时，被另一队友坦克（Tank）所杀。坦克之后成功唤回尼奥和崔妮蒂，但莫菲斯却因无法唤回而持续和矩阵连线中。
为了唤回莫菲斯，尼奥等人商议后，决定和崔妮蒂再次连线进入矩阵。经过激烈的搏斗之后，他们终于成功救出莫菲斯。虽然莫菲斯和崔妮蒂成功回到真实世界，尼奥却在矩阵中被特工程序击毙呈现弥留状态，此时真实世界中的崔妮蒂紧依著尼奥和他对话并深深的吻了他，感受到真实世界的深情之后尼奥仿佛顿悟一般地复活了！复活后的尼奥对自己“救世主”的身份已无丝毫怀疑，明白到自己可以重写矩阵内程序的能力。他马上入侵了其中一个特工程序——史密斯，令史密斯烟消云散，消失得无影无踪。其他的特工程序吓得落荒而逃。
之后的故事在黑客帝国2：重装上阵中继续发展。