的深层含义是什么
首先Matrix中两个最重要人物的关系，先知和建筑师是母体中最重要的两个人，这两个人不但在母体中享有更高的权力，同时还能控制真是世界中的机器人，这里我认为最后和neo对话的人应该就是建筑师在现实世界中的样子，建筑师和先知作为机器人世界最核心核心的程序，因为他们有自己独特的思想，通过他们思想的不断斗争也使得及机器王国能够不断地进化自己，在这一集中这两个关键程序之间的矛盾打倒了更高峰，因此这场战争实质上是这两个人的对话，他们之间的矛盾就在于他们对人类价值的认识，建筑师作为整个母体的主要设计者他意识到人类存在的重要性，他可以利用人来不断的进化自己，帮助自己解决它无法解决的问题，但是与此同时他紧紧是把人类当成他的一种工具，它不希望人类变得更加强大，因此他会定期的毁灭人类的聚居地，以确保机器王国对于人类的优势始终得到延续，也就是说它认为人类应该是作为奴隶存在，他们的价值就是帮助母体变得更加完善，而先知则不同，先知认为人类和机器应该属于两种独立并相互依存的生命形式，任何一方过于强大最终都会导致自身的灭亡，就像生物多样性一样，人类会收到疾病的困扰但是计算机病毒却不可能毁灭人类，如果双方都能理解这种共生关系，那么双方都不可能被毁灭，但是在母体中他的观点得不到建筑师认同，他为了能让建筑师认识到这一点，他破坏了建筑师的这一次更新计划，通过利用史密斯同化自己，让史密斯获得了与建筑师同样级别的权力，建筑师已无法击败史密斯，因此只有通过人来消灭病毒保存母体，其最终结果显然建筑师不情愿的接受了这个事实，放弃了控制人类发展的一贯做法。
关于neo：从这部片子里可以看到机器的智慧已经在某种程度上超越了人类的智慧，也许是因为机器的智慧能够延续上百年而neo当他明白这一切的时候他的生命就走到了终点，片子里neo最多的问题是在于neo怎么能够具备在现实世界中摧毁机器的超能力，这一点我是这样理解的，首先neo并不是一个普通的人，他对自己思想的控制远远超越了其他的人，也就是说我们可以认为neo在某方面是具备超能力的，不是像超人那样的而是可能会有更强的脑电波，在第3集的开始我们看到neo没有插入连线就进入机器最接近真是世界部分的地铁站，而地铁站恰恰是母体把某些程序植入现实世界中的关键部位，因此地铁站可能会具备接收人类脑电波机械系统，而neo毁灭机器章鱼的力量并不是来源于自身，而是来源于先知的力量，很显然先知肯定具备开启机械章鱼自毁系统的权力，同时先知又要帮助neo是其在现实世界中不受伤害，所以neo在现实世界中的超能力仅限于毁灭机器王国的机器人，它甚至不能操作飞船，由于传输流量的限制neo只能在一定时间内毁灭一定数量的机械章鱼，另一个证据就是当neo眼睛瞎了以后他看到的世界是一个更美丽的世界，试想也只有在先知和建筑师的眼中才会把机器城看成最美丽的世界。唯一可悲的是neo始终只是先知和建筑师都争中的一个棋子，虽然他是最关键的棋子。
最后说说史密斯：这是个最为悲剧性的人物，他过早的拥有了它不改拥有的力量，它还没有学会驾驭这种力量他就被终结了，他失败的关键是作为机器他没有搞清楚和人类作战的方式不是在程序中杀死他，而是应该通过更简单的手段利用机械章鱼在现实世界中将他们消灭。
黑客帝国到底表达了什么意思啊？
要回答这个问题首先要谈论下黑帝的世界观，黑帝的世界观是这样的：正常发展的世界我称之为世界A，在A世界21世纪末的某一天，人类发明了AI（人工智能），并且像大多数科幻片一样，AI拥有了自己的意识，于是，他们开始统治人类，在2299年之前（可能很靠前，也就是说并不靠近2099年）的某一天，人类为了对抗AI，决定放弃机械化，人类制造了一片阴云，遮蔽了太阳，失去了太阳这一主要能源，然而，残余的还能活动的机器人意识到（他们拥有自己的思想）一个问题，那就是人体发电，人体可以代替很多的能源产生大量的能量（ATP），于是，他们囚禁了人类（在之一部里有说明，把人类的胚胎当成庄稼），而少数逃离苦海的人们就组建了地下城市锡兰，与此同时，机械方面的首脑利用庞大的程序创造了一个“母体”，这个世界我们命名为B，但是，问题在于，机械方面并不能完美控制这个母体而他们又不知道（或许知道但是根据后边的剧情发展，认为机械方面不知道更合理），他们只是在里边安装了几个“杀毒程序”（就是特警，带黑墨镜穿西服的人），而最重点的地方也就是很多人都看不懂的地方在于A与B重合了，并不是平行世界，而是真真正正的重合了，就有了未来创造过去的感觉，在影片后期经常会有他们躺在椅子上往头上插管子进入母体的情景，实际上他们进入的是世界B，因为两个世界重合，所以他们也是进入了世界A，并且他们之所以能进到母体（世界A）是因为他们可以在脑袋后边插管子，而出生在锡兰的人（比如坦克和法兰）脑袋上不能插管子，所以他们不能进入母体只能在外边操作换言之那些人之所以能回到世界A，是因为他们本来就属于世界A，从这一点未来人布恩那个回到过去还是很合理的，而关于那些能变脸的特警，由于他们管理的是世界B，并且世界重合，所以他们能通过世界A的人变脸
如果题主问的是故事情节，那就是尼奥身为救世主为人类而战的故事，其实看懂世界观之后故事情节还是很好理解的，如果题主问的是这部电影的主题的话，那就是“为自由而战”
黑客帝国到底说了个什么意思？高手请指教
故事的大概情节就如六楼所言，但是如果之一部几个关键点没搞清楚的话，整个故事确实是很难理解的。我想谈谈我对看黑客三步曲后的认识。
其实整个故事的背景时间是在22世纪，也就是说电影中真正的人类已经是22世纪的了。电影中的“母体”其实就是一个被人开发出来的电脑程序，它能控制大多数人的大脑意识，使人们生活在“母体”这个虚拟的环境中。在虚拟世界中的背景时间恰恰是21世纪左右，电影开始就是在虚拟世界中，所以你会觉得什么警察、老板、公司都和我们现在现实生活中的差不多，像史密斯这种超人似的特工是“母体”程序生成的特殊子程序，其职责是保护主程序不被破坏，后来你看到他死而复生而且能随意复制自己，也就是他这个程序变异成病毒的结果。其实开始身为黑客并在一家电脑公司工作的尼奥也是意识被控制了生活在虚拟世界的人，后来吃了墨菲斯的一颗药丸后（这药丸能使人的意识脱离程序的控制），画面突然变成尼奥躺在液体中身上插满了管子，此时尼奥的意识回到了现实世界22世纪，我们看到他周围上下还有很多和他一样未醒的人其实就是那些被程序控制意识在虚拟世界生活的人。和墨菲斯一起的人都是不被“母体”控制的真正的人，但通过在脑后插入插头就能自由出入虚拟世界，他们的目标就是要解放人类的意识，恢复人类自己的生活。故事的主线就是人类与“母体”的战争，需要说明的是，“母体”只是程序，就像大脑，它支配着机械城中的机器，所以，墨菲斯和尼奥他们既要与乌贼兵打斗，又要进入母体寻找一个多世纪来这场战争的真相。
虽然我只看过一遍，但我觉得自己对这个故事理解地还是比较清楚地，希望对你有所帮助
谁看懂黑客帝国了？
《黑客帝国》之一部讲述的是诞生，一个平凡的 *** 朋克在父爱和情爱的关心下释放了自己的心灵，成了将人类救出虚拟世界的救世主。第二部讲述生活，这个救世主开始怀疑自己存在的价值，探讨起预言和选择的关系，以及人能否掌握自己的命运。第三部讲述死亡和新的开端，在救世主代表的人类和先知代表的机器共同努力下，战胜了计算机病毒的破坏，还给人类和机器一个阴阳共生的和平。
同时，这个三部曲还是一部人类思想的大历史，从一个善恶对立的世界到一个善恶模糊的关系，直到善恶对立完全消失，走向你中有我，我中有你的统一，这正是人类发展的大趋势，先知的阴阳图案耳环正说明了这一点。
《最终战役》讲述的正是中国传统儒道佛三合一的文化，一种以大道为先，放弃欲求，追求“和”的理想。尼奥昏迷在地铁站，引出了印度女孩萨蒂，与此同时，崔尼蒂等人找到梅洛文加，逼他放出尼奥，再次用爱情救了他。先知告诉尼奥，现在只有他才能拯救虚拟和真实的世界，而史密斯是尼奥的反面，随后到来的一群史密斯侵入了先知。锡安正遭到着机器的进攻，被困的逻各斯舰有了消息，米觉尼号带着尼奥一行去帮助尼俄柏。这时，尼奥已经认识到自己应该做什么，于是要求顶着锡安议会的压力，深入机器城市，和机器谈判。尼俄柏知道这是她必须帮助尼奥的时刻，将自己的逻各斯舰交给尼崔二人，让他们尝试改变以前锡安的轮回。但这时，被史密斯附体的拜恩杀了照顾他的医生，潜伏在逻各斯舰上。
接着就是双线叙述，一边是锡安保卫战，志士们各尽其能，其中包括谎报年龄的十六岁少年和英雄家庭的兹。另一边是尼奥和崔尼蒂按照尼奥的预感，深入机器的城市，途中拜恩出现，和他的战斗中，尼奥眼睛瞎了，断灭了最后的感官欺骗，但他却能用心感受到眼前的东西。和众多机器水母的战斗中，崔尼蒂越过黑云看到了太阳，却在逻各斯号到达机器核心的时候，死于机器水母的进攻。锡安的战斗到了最后的关头，人类所有的抵抗方式都用尽，已经准备舍身成仁了。尼奥和机器展开了谈判，要求机器和人类和解，而他将制服史密斯，还两个天地一个太平。在谈判达成的一刻，机器的进攻停止了，墨菲斯知道尼奥成功了，率先放下了武器。
雷雨中，尼奥展开了和史密斯的战斗，这是一个史密斯的世界，作为他对立面的尼奥显然不可能是他的对手，在战斗的最后关头，先知在史密斯体内显灵了，说，“任何事都得有始有终”，尼奥在这一刻悟到了其中玄机，将自己送给史密斯。当史密斯完成了对尼奥的入侵，湮灭就这样到来了，光芒中，两个世界都恢复了平静，机器和人类的共生终于获得了和平。
如果仅仅把《黑客帝国》系列当作特技和神话，难免偏颇，这个故事必须是这样的结局，没有巧合和戏剧，因为“勺子本不存在”，这个故事其实写的是人类的真实历史，而不是好莱坞似的不能实现的梦想。从自然科学的角度上讲，任何封闭系统都用尽它的秩序（低熵），将走向混沌和混乱（高熵），被人类和机器摧残的地球也不是例外，当地球的资源耗尽，人类和机器的共生是唯一的出路：人高度的秩序的思维能量产生低熵，供机器使用，而机器则提供人类生命的基本需要。阿西莫夫的《最后的问题》就有类似的前瞻：人最终将抛弃肉体，靠电脑的帮助建立纯意识的新存在。所以，从这个角度上说，人类的肉体如果必须在母体塔中渡过一生，只要他们知道真相，并且愿意这样做，他们就依旧是自由的。母体和锡安的彻底和平，正是给了人类以自由选择的机会，是要虚幻的快乐还是要真实的荒漠，他们可以自由选择，彼此尊重这种选择，这才是真正的自由。和这种自由比起来，老版本的锡安总是要把所有的人都放到荒芜的地球上，这其实和母体对人的奴役本质上并无区别。
从天地大道上来理解，崔尼蒂的死也是必然。她代表的是西方的基督教文明，是一种二元对立，“不是东风压倒西风，就是西风压倒东风”的力量，这种力量只能造成机器和人的玉石俱焚，她选择听从尼奥，不是出于她的世界观，而是出于爱情。建立在爱的基础上的基督教，如果从佛教的观点来看是不全面的，是“有漏”的，“有漏皆苦”，她最后必定要用自己的生命来承担这种苦果，所以她走不到最后一步。尼奥也必须抛开爱情的力量，怀着对天下的慈悲，容天下难容之事——史密斯，这才能笑天下可笑之人——那些眼巴巴等着人类征服机器的观众。看看他们乘的船吧，逻各斯号，就是逻辑，是希腊文明最辉煌的成果，就这样，一个西方和华人的混血儿，在希腊和基督教两大文明的帮助下，走到了这个世界最核心的智慧——和解。
北宋思想家张载有言，“有像斯有对，对必反其为，有反斯有仇，仇必和而解”。先知说史密斯是尼奥的相反面，不是说他们是正负数的关系，占据很大镜头的阴阳耳环其实已经说的很明白，尼奥为阳，史密斯为阴，本是相生相克的，对立在统一之下。《重装上阵》中尼奥收到的那把勺子已经在说，勺子不存在，人和机器本来就应该是统一的，本就不该有战争。所以最后的结果只能是“仇必和而解”。最后，史密斯进入了尼奥，这是在说，现在，他们你中有我，我中有你，于是一切矛盾都解决了。
《黑客帝国》三部曲从奴役和仇恨开始，首先讲述的是犹太和基督教的历史，是善和恶的完全对立，是上帝和撒旦你死我活的较量。电影设定的场景却是希腊化的，是柏拉图的“洞穴寓言”，讲述人如何定义真实，如何发现真实。尼奥成为救世主，是依赖着基督教最有力的爱的力量，所以那一刻，当尼奥在伊人一吻中复活，他成了基督教的救世主。
《重装上阵》则是存在主义的故事，这是一个“上帝死了”的时代，超人开始怀疑存在的意义。这也是善和恶对立的模糊阶段，如同加缪的文学，不是善恶的对立，而是光明和黑暗的对立，其界线是模糊的。同时，尼奥面对的困惑也是郭靖的困惑，究竟什么能判定好与坏？如果自由就是好的，那史密斯的破坏性该怎么看待？存在主义认为，人的自由是选择的自由，不一定是选择有所为，也可以选择无所为，无为比有为更自由，因为无为不会冒犯别人的有为。所以，尼奥在《最终战役》中没有接受先知的糖，做了和第二集相反的决定。
存在主义发展到后来，给西方世界开的药方是东方文明，这就是第三集的基础。梁漱溟认为人类文明对待“意欲”的态度有三条道路，之一条是奋斗，求意欲的满足，这是西方的道路；第二条是意欲的自我调整，适可而止，中庸之道，这是中国儒家和道家的道路；第三条是意欲的限制和消灭，是佛教的道路。这三条路本无好坏，只是个时间的问题，中国和佛教太超前，所以当人还希望满足意欲的时代，这两条路都不可能成为主流。但时代会改变，人终究能自觉意识到对待意欲的态度必须改变，这时候，儒和道的时代才能来到，这以后，将是佛的时代。电影从一开始就贯穿了佛教的态度，但人类的实际行为却告诉我们这个断灭欲望的时代远未来到，就只有中国的中庸之道才是解决眼下战斗的办法。这个中庸，不是如一些观众认为的向好莱坞的妥协，而是天地大道。
尼奥意识到自己和史密斯本来就是一体，缺了任何一方都将是对整个世界的摧残和生灵的涂炭。没有尼奥，机器的霸权将大行其道，没有史密斯，人类将尽一切可能战胜机器，他们本来就是互相牵制的一体，所以最后必须是二者合一，湮灭也好，混合也好，最后尼奥活不活已经不是问题，关键是他已经开创了一个新的时代。
从电影院出来，我感受到的是一种释然，这是一部我所看过的最真诚的电影，最沉重也最感动。它是这样深刻地震撼着我们的心灵，任何人都能从中找到属于自己的东西，所以我怀着这样的崇敬之情，撰写了《解码@黑客帝国》一书，让沃卓斯基兄弟赞美的中国人所知晓他们的慈悲。
在一片生机盎然的草地上，建筑师决定给人类自由选择的权利，先知的和平信念得到了实现。我们看到的是白发苍苍的白人和象征人类最原始力量的黑人，他们已经完成了自己的使命，站在他们身边的是正当壮年的中国人，搀着尚年幼的印度人——这个祥和的图景，已经说明了一切。
谁对《黑客帝国》感兴趣，谈一谈你对其中的思想的认识？
一开始，人类和机器大战，结果人类输了。但奇怪的是人类没有灭亡，而是变成了机器的能源。机器从人类身上获取能源显然是个假象，或者说，人类的确在做机器的电池，但这显然不是机器的目的，因为它们从人身上获取能源显然不如直接获取养活人类的那种能源来的划算。机器没有灭绝人类，可能有两个原因吧，一方面，一开始机器就有怜悯之心，它们不希望人类灭绝，但又不再想受人类威胁，更好的办法就是囚禁他们的身体，然后用一个虚拟世界来控制他们的精神，把人类作为生物电池只是副产品；另一方面，可能是机器希望研究人类以改善他们自己，同样出于消除人类威胁性的考虑，必须把人类以某种方式囚禁起来。我想对于Matrix的产生两个原因都有一点。总之，Matrix就这样诞生了。不管之一个Matrix是怎样的，总之它就是个真到让绝大多数人都以为是现实的虚拟世界，所有人的身体都在当电池，而他们的精神都活在Matrix中。Matrix的设计者就是那个设计师了，我认为他和第三集里的机械大帝是同一个东西，它就是机器世界的更高管理程序，机械大帝是它的载体，设计师是它在Matrix里人型化的投影。当然，也有可能设计师只是更高管理程序的子程序罢了，因为机器们可能有很多事情要管，不是只局限于Matrix。
继续说情节——一开始，这个设计师的脑袋似乎只有一根筋，它设计的Matrix里的所有东西都是可计算的，就是在数学上是完美的，人类也必须在这个完美的数学模型中运行，但显然人类不是这样，人类的怪点子太多了，所以之一代Matrix崩溃了。他不死心，还以为这是因为人类不适应新环境，所以又以人类历史为背景重写了Matrix，但这一代Matrix又失败了。更高管理程序（或者是设计师）于是只好又编了一个研究人类心理的超级程序—它就是先知。在她的提示下，设计师的脑筋开始有点会转弯了。他让matirx里的人类开始有选择，这样Matrix就更接近现实世界了，但是这个Matrix还是有问题，主要是两个：一是人类中总有1％的人不那么老实，他们总觉得Matrix不是真的，如果把他们闷坏了，Matrix还是会崩溃；一是由于Matrix系统的不断改进，一些旧的程序会不时被删除，但总有那么一些程序不想被删，它们就在Matrix里躲起来（那个法国人就是这类程序中的佼佼者），成为非法程序，这种程序总删不掉的话，Matrix也有崩溃的危险。为了解决这两个问题，设计师想到了一个一举两得的办法：一方面，他让那1％不太老实的人觉醒，从Matrix中脱离，让他们在现实世界的地底造一座叫zion的城市，成为Matrix的黑客，进行抵抗运动，实际上这是完全在设计师的控制之下的，这只是一种迂回的控制，因为如果把这些人强行压制在Matrix里反而对Matrix不利；另一方面，设计师 *** 他能找到的所有非法程序的原始代码（应该是原始代码，因为如果设计师直接知道非法程序的代码，那它直接删就行了）编写一个叫做“救世主”的程序（代码），这个程序显然可以发展成非法程序的最终形式，这个程序被植入Matrix的某个人类的精神中（到底怎么选中这么一个人的，电影里没说），那么这个人就成为救世主，之所以叫他救世主是因为它的一个作用就是它是那些zion中觉醒的人类的“救世主”，因为每到zion的力量强到开始对机器产生威胁时，黑客们就会遇到先知（这也是设计师的安排），先知会告诉他们寻找救世主，说救世主能帮助他们打败机器，救世主被找到后不久，也就正好是它的超能力觉醒的时候，这其实是他身上的那些非法程序的代码终于成熟了，这样，又在先知的指引下，黑客们和救世主来到Matrix的代码之源，救世主见到设计师，得知真相后，救世主不得不带着身上的非法程序代码、按设计师的吩咐返回代码之源，让Matrix的代码库升级，Matrix并在此基础上升级重载，重载后的Matrix就能对付原来那些非法程序了（救世主这一身份只不过是为他的归还代码找个理由罢了）。在救世主见设计师时，机器军队也在毁灭zion，救世主完成他的“升级代码库”的任务后还有一项任务就是从Matrix中选23个男男女女重建已毁灭的zion，当然，也许是几代之后，这23个人的后代们又会在先知的指引下去寻找新的救世主。可悲的是，救世主往往只能选这一条路，因为如果他不这么干，设计师就会毁灭全人类。这里顺便说一下，救世主到底是人还是程序？其实，Matrix里的程序和人的精神（灵魂）的差别已经很小了，像第三集的印度人都有了人类的爱情和亲情，他们的不同可能仅仅是载体不同而已，程序的载体是芯片，灵魂的载体是人脑。所以，程序和灵魂是可以结合的。救世主其实就是以人脑为载体的人本身的精神和“救世主代码”的结合体。精神和代码已经不分了。
以上是前几代救世主的命运，到了Matrix升级的循环到了第六代的时候，先知这个程序可能是研究人研究得深了，自己也变得人性化起来，逐渐变成了一个好人（正确的说是一个善良仁慈的程序），她开始收留一些非法程序，有的被她养着，有的成了她保镖，它还开始怜悯起那些觉醒的人类前赴后继但全不知情的抵抗和一次次被毁灭的结局。因此，先知开始有了一个计划，她要通过一个 *** 让Matrix的升级在这一代结束。她的计划包括两个方面：一方面，她要让这一代的救世主在见到设计师时不选择进入代码之源，她的 *** 是让设计师稍稍改变救世主的代码，让他爱上某一个黑客（当然这一意图是不能让设计师知道的，先知可能是告诉设计师她只是要做个小实验罢了，比如说观察加入爱情后救世主的反应，第二集里设计师自己也说：“观察你的反应是很有趣的”，先知料到设计师会低估爱情的力量，认为救世主还是会选择进入代码之源。所以我觉得neo爱上trinity是先知和设计师的安排，这虽然很可悲但却合理）这样救世主为了救心上人而放弃进入代码之源。第二集结束时，先知的这一步计划成功了，但仅有这一步是不够的，因为如果救世主不进入代码之源，那么设计师就会毁掉全人类，而且zion照样会被毁灭。所以另一方面，先知必须要给救世主准备一个可以和机器大帝（设计师）谈和的筹码，这个筹码就是 *** ith。先知说了，Smith是救世主程序的反面，我认为这样的程序是不可能自己形成的， *** ith这一程序应该是先知一手改写的。按照设计师的说法，先知这一程序是要定期检查的，不然也会危及系统，这说明先知在Matrix中的能力（或者说权限）是相当大的，她极有可能用某些 *** 改写了 *** ith的程序（连法国人和印度小女孩都能编写程序，何况是神通广大的先知呢？），而且是用救世主程序的反面改写的，所以 *** ith还是个合法程序时，他就强烈表现出非法程序的“气质”（审问Morpheus那段，他想脱离Matrix的愿望比neo还强），而在救世主身上的非法程序代码苏醒（力量觉醒）之时， *** ith身上的非法代码也激活了。如果说救世主是设计师可控的非法程序最终形式的话，那么 *** ith就是设计师意料之外的最可怕的非法程序。其实， *** ith是先知计划中很重要的一枚棋子，先知就是要让 *** ith强大到设计师无能为力的地步，而只有neo可以凭借身体内与 *** ith相反的代码将其中和，neo以消灭 *** ith为条件换来和平。——以上就是先知的如意算盘了，这其中有一些过程先知可以凭借她在Matrix内的精密计算和她对人类心理的深刻理解而预知，还有一些也是听天由命的，正像最后设计师对先知说的：“你玩了一个很危险的游戏”。先知基本上也就是赌一把。
整个Matrix系列说的好像基本上就是先知这一人类拯救计划的执行过程。这一代的黑客代表人物Morpheus和Trinity等人找到了这一代的救世主载体Neo。Neo在历尽磨难后终于变成了救世主（其实是必然的），他同时也爱上了Trinity（其实先知早就告诉Trinity了，这根本就是先知安排的——我们经常说的“造化弄人”实际上是不是脑子里被写进了一个程序呢？）。（之一集）
Simith在被Neo干掉之后也顺理成章地成了非法程序，能力开始成长（复制能力）。然后neo他们又从非法程序的精神领袖那里抢来了知道如何进入代码之源的程序。从这个精神领袖的话中得知，似乎每一代救世主都要找他麻烦，似乎这也是设计师的安排。Morpheus他们在得到Neo后变得越来越神勇，原来见到Agent像耗子见了猫似的，但这时已经不怎么害怕了，还能和他们过几招。后来neo终于见到设计师，Trinity也 “很及时地”遇到危险，得知救世主真相后的neo为了救心上人还是弃全人类不顾，毅然决然救了Trinity，回到现实。得知真相的Morpheus也备受打击，从此光采尽失。这时neo突然有了在现实中击毁电子章鱼的能力，当然，用了一次就晕了。（第二集）
这时，有复制能力的 *** ith居然复制到了一个zion的人类身上还把人类的飞船都破坏了。这些飞船上有人类最厉害的武器（那种按一下机器人就死光光的东西，忘了叫什么了）。这时只剩下配合neo他们行动的两艘飞船了。一艘返回zion去支援那里只用非常简陋的机器人和电子章鱼拼命的人类军队。另一艘载着neo和Trinity去机器城见机器的老大——机器大帝。途中遭被 *** ith复制的那个人的突袭，neo双眼被刺瞎，但他在现实中感知和摧毁代码的能力却完全觉醒了，其实这是因为在第二集结束时，neo接触了Matrix的更高管理程序——设计师而成长了，他原来只能在Matrix中感知代码，现在由于学习，他也能在现实中感知代码了，原来必须接触Matrix，现在可以远程感知了（所以neo在现实中有超能力根本不是说zion也是虚拟世界，只不过是neo的能力从插卡式进化到遥控式罢了，他在现实中的超能力还是仅限于代码的）。他们干掉了这个 *** ith，终于闯进了机器城，但Trinity牺牲了。这时，Matrix中的 *** ith果然已经如先知预期的那样几乎把整个Matrix里的人和程序都复制成他自己了，包括先知自己在内（至于为什么 *** ith吸收了先知之后还是不知道这是先知的计划，这可能是因为先知这个程序即使被吸收也还是有保护代码， *** ith无法完全破解——只能这样理解了，不然我的文章就白写了）。Neo和机器大帝达成协议，进入Matrix消灭Smith，换取人类和机器的和平，机器大帝同意了。结果Neo和Smith在无数Smith的注目下决战，Neo当然打不过Smith了，但是最后Smith同化Neo时，Neo释放自己的代码，和Smith同归于尽了。这时，所有被 *** ith同化的人都恢复原状，而和Neo的决斗的那个Smith恢复成了先知（这很容易理解，因为吸收了先知的 *** ith显然是所有 *** ith中最强的，所以代表无数 *** ith和neo决斗的就是先知同化成的 *** ith，从躺在地上的先知嘴角含笑来看，先知在被 *** ith吸收后应该是还有自我意识的，她知道自己的计划终于实现了）。这时，进攻zion的机器大军也撤退了。第二天，先知和设计师碰面，设计师承诺遵守诺言，不再迫害那些觉醒的人类，从此人类可以在Matrix和zion之间自由选择。Matrix里之一次升起了不带绿色的朝阳，地球成了一个人类和机器、机器城和zion、觉醒的人类和Matrix中的人类、合法程序和非法程序共存的和谐世界。革命成功了！（第三集）
Neo死了吗？他可能的确牺牲了，也有可能只是精神中救世主程序的部分与Smith中和了，因为先知说，Neo还是可能会来的，她的意思是不是Neo作为一个普通人回到Matrix中？这些导演没有说，留给我们自己去想了。
黑客帝国到底在讲什么？里面好多情节我都看不懂
里面有情节看不懂很正常，因为The Matrix架构的世界观不是三部曲能够涵盖 的，很多信息都是第二部在与先知和工程师的交谈中透露出来，观众可能并不能很快理解他们说话的内在含义。
要理解黑客帝国系列背景世界的全面历史你需要看一下黑客帝国动画版 系列，从中补差了很多电影里略掉的细节。
举个栗子，第二部重装上阵，Zion有个崇拜Neo的小伙子突然出现（他在第三部矩阵革命也有出众的表现），他对Neo的崇拜态度令很多初次观影的观众迷惑，在动画版中揭示了这个小伙子是Neo 他们从母体里救出来的一个。再举个栗子，摩尔菲斯在之一部中突然告诉Neo和观众，当前实际年代是22世纪末，人类将天空布满乌云，所以机器智能想办法将人体作为能量储备。短短的介绍里面有太多的疑团，而动画版中的一幕揭示了人类和智能机器的发展史，先是人类由于自身的颓废和腐败无法与纪律鲜明的人工智能社会竞争，于是现行对智能机器社会下了杀手，但是没能摧毁对方，反而被反攻消灭，于是人类为了断绝机器城市的能源炸毁了油井，并且对空气进行处理让黑雾布满天空。
黑客帝国什么意思？
其实不懂计算机——尤其是不懂虚拟机的人很难理解黑客帝国核心的东西。黑客帝国其实至少是四重世界（电影里只看到了两重，另外两重是推理出来的）——最顶层的是那个男主角Neo可以满天飞的世界，谁都能看出来这是个虚拟机，而Neo作为一个病毒，获得了虚拟系统中的特权（可以满天飞，还贼能打～）。而运行这个虚拟机的是很多观众认为的“现实世界”——锡安，但从Neo后来可以在锡安中发挥超能力干掉“大章鱼”来看，这其实还是在计算机里，Neo这些虚拟机中的病毒穿透了虚拟机，来到了运行虚拟机的系统中，并再次获得了特权。但三部“黑客帝国”的大结局却出人意料，那个疑似“上帝”的家伙说Neo已经不是之一次这么做了，而大家认为是“现实世界”的锡安也 *** 掉好几次了，每次都是通过一个类似于重做系统的方式重新恢复的。我们知道，一个承担如此重任的计算机系统（要装下一个世界的系统……）是不能随便说重做就重做的，那唯一的解释是——锡安不仅依然是在计算机中，而且依然是一个虚拟机！那么后两重世界就很容易推理的，需要有一个真实的计算机来运行“锡安”这个虚拟机，而这个真实计算机外面还有一个真正的“现实世界”。所以我强烈推荐，如果你有兴趣可以带着虚拟机的概念再把黑客帝国看一遍
如何理解《黑客帝国》
*** 大数据时代，正义黑客和邪恶黑客的较量。
科技高度集成的情况下，人类在虚拟的 *** 世界中博弈，、生存、